Ab 1512 begann der Ort Weinfeld durch Abwanderung und die alles Leben dahinraffende Pest auszusterben. 1562 zog Pastor Peter von Mehren als letzter hinunter nach Schalkenmehren. Die Weinfelder Kapelle war jedoch weiterhin Pfarrkirche. Das Allerheiligste und der Taufstein verblieben bis 1727 dort, und 1825 fand die letzte heilige Messe in der Kapelle statt, die - so berichtet der V. Band der Geschichte des Bistums Trier neben weiteren historischen Daten - 1827 wegen Baufälligkeit für jede gottesdienstliche Handlung geschlossen wurde.
Peter von Mehren dürfte - falls nicht schon vorhanden - in Schalkenmehren eine neue Kapelle gebaut haben. Aus dem Jahre 1713 wird überliefert, dass diese früher einem Stall ähnliche Anlage sich in einem würdigen Zustand befinde. Die alte Kapelle, 21 mal 40 Fuß im Schiff, 18 mal 21 Fuß im 1810 erbauten Chor, hatte drei Altäre: zu Ehren des Kirchenpatrons Johannes des Täufers, der heiligen Schutzengel, und der Muttergottes.
1803 wurde St. Martin von Weinfeld als Schutzpatron für Schalkenmehren übernommen. Die Bewohner dieses Ortes, eine Ansiedlung mit 66 Häusern und einer Mühle, baten am 21. November 1803 darum, eine eigene Pfarrei zu werden. Sie verpflichteten sich, wie damals üblich, zu bestimmten Lieferungen und Zahlungen, und erhielten als "Hilfspfarrer" einen Vikar. Noch bis 1921 nannten sich die Seelsorger nach der Mutterpfarrei Weinfeld, um sich erst von da an als Pfarrer von Schalkenmehren zu bezeichnen. Bischof Hommes fand 1830 das Innere der Kirche in so schlechtem Zustand, dass alle auf einen völligen Neubau drängten.
Seit 1838 wurden zu diesem Zweck Verhandlungen geführt, die auch 1844 Erfolg brachten. Mit dieser Entscheidung wurden der Bevölkerung jedoch große Lasten auferlegt, so dass gleichzeitig nicht auch noch alle notwendigen Mittel zur Erhaltung der Mutterkirche in Weinfeld vorhanden waren. Die 1844/1845 nach den Plänen des Baumeisters Bartels aus Daun neu aufgeführte Kirche in Schalkenmehren, für die sich auch Pfarrer Gottesleben aus Mehren sehr eingesetzt hatte, konnte am 12. November 1845 eingesegnet werden.
Das neue Gotteshaus erhielt 1868 für 374 Taler drei neue Altäre des Bildhauers Möhly aus Konz. Bei den sakralen Geräten wird 1858 eine Monstranz mit Reliquien des Schutzpatrons St. Martin erwähnt. Die frühere Kirche hatte drei Glocken, deren größte aus Weinfeld stammte. Alle drei wurden 1872 umgegossen und zwei neue traten an ihre Stelle. Eine Orgel wurde ebenso wie 14 Kreuzwegstationsbilder zur Zeit des Kulturkampfes 1879 beschafft, 1881 folgte der Kauf einer Turmuhr, und auch eine Heizung machte den Besuchern den Aufenthalt im Gotteshaus angenehm. 1957 wurde die Kirche unter Pfarrverwalter Dechant Feld renoviert und "modernisiert": Altäre, Predigt- und Beichtstuhl, Kommunionbank und Kreuzweg wurden entfernt, religiöse Darstellungen an Decke und Wänden wurden mit einem einfachen Weißanstrich überdeckt, und ein neuer Steinaltar und eine Kanzel sorgten für eine allgemein übliche schlichte Gestaltung des Innenraumes. Doch bereits 1981 wurde der Entschluss gefasst, die wertvollen, dezentfarbenen Wandgemälde wieder freizulegen. Von 1981 bis 1984 wurde eine neue Heizungsanlage installiert, während von 1985 bis 1986 eine komplette Außenrenovierung mit Putz-, Dachdecker- und Malerarbeiten erfolgte. Bei der Generalüberholung der Orgel im Sommer 1987 wurde der Klang des Kircheninstrumentes enorm verbessert. 1991 wurde für ein freundliches Innere des Sakristeiraumes gesorgt, bevor ein Jahr später die Dachsanierung des Heizungsraumes an der Kirche notwendig wurde. Behoben sind auch zwischenzeitlich mehrere Schäden im Glockenturm und Deckenbereich, die beim Erdbeben 1992 entstanden waren. 1995 erfolgte mit der Stabilisierung des Glockenstuhls auch der Einbau einer elektrischen Läuteanlage.
In den Jahren 2022 bis 2024 erfolgte eine umfassende Innensanierung der Kirche St. Martin. Hierbei wurde der Altarraum neu gestaltet und der Tabernakel wieder in die Mitte gerückt. Auch die alte Weinfelder Schmerzensmadonna, ein Bildnis der Muttergottes mit dem toten Leid ihres Sohnes auf ihrem Schoß, fand einen gebührenden Platz im vorderen Teil der Kirche. Am 15. September wurde die Kirche in einem Pontifikalamt mit dem Trierer Bischof Dr. Stephan Ackermann feierlich wiedereröffnet.
